Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 220 βαθμούς. Πλένουμε καλά τα φιλέτα του βακαλάου και τα στεγνώνουμε με χαρτί κουζίνας. Τα απλώνουμε σε ένα πυρέξ και τα αλατοπιπερώνουμε. Χωρίζουμε το βούτυρο σε κομμάτια όσα και τα φιλέτα και τον βάζουμε πάνω από το κάθε φιλέτο. Καλύπτουμε κάθε φιλέτο με 2 λεπτές φέτες λεμόνι και 1-2 κλωναράκια φρέσκο θυμάρι. Ψήνουμε για περίπου μισή ώρα και σερβίρουμε με την σος.