Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 190ºC και τοποθετούμε τις χάρτινες θήκες μας σε ταψί. Στο μίξερ κτυπάμε το βούτυρο με τη ζάχαρη και μόλις το μείγμα αφρατέψει προσθέτουμε σταδιακά τα αβγά, το αλεύρι, το ξύσμα και το χυμό του λάιμ και το baking powder. Συνεχίζουμε το κτύπημα.
Μοιράζουμε το μείγμα στις θήκες μας και ψήνουμε για 20 περίπου λεπτά στον φούρνο. Αφήνουμε να κρυώσουν καλά.
Για το γλάσο, λιώνουμε σε μπεν μαρί τη σοκολάτα, απομακρύνουμε από την φωτιά και προσθέτουμε το βούτυρο. Χτυπάμε με το σύρμα το τυρί κρέμα και το προσθέτουμε στο μείγμα της σοκολάτας, μαζί με το χυμό και το ξύσμα απ' το λάιμ. Προσθέτουμε και λίγο χρώμα ζαχαροπλαστικής. Αφήνουμε για λίγο στο ψυγείο και έπειτα απλώνουμε πάνω στα cupcakes μας.