Σε ένα μεγάλο και βαθύ τηγάνι ζεσταίνουμε το ελαιόλαδο σε μέτρια προς χαμηλή φωτιά. Προσθέτουμε το κρεμμύδι και το jalapeño (ή την καυτερή πιπερίτσα) και ½ κ.γλ. αλάτι. Σκεπάζουμε το τηγάνι και αφήνουμε να μαγειρευτούν, ανακατεύοντας συχνά, μέχρι να μαλακώσουν, 8 με 10 λεπτά. Προσθέτουμε το σκόρδο, το τσίλι, το κύμινο και τη ζάχαρη και ανακατεύουμε για να απελευθερώσουν τα αρώματά τους, λιγότερο από ½ λεπτό. Προσθέτουμε την τριμμένη ντομάτα και το νερό και σιγοβράζουμε για 5 λεπτά, ίσα να δέσει ελαφρώς η σάλτσα.
Βάζουμε το κοτόπουλο μέσα στη σάλτσα, χαμηλώνουμε τη φωτιά, σκεπάζουμε το τηγάνι και αφήνουμε να σιγοβράσει μέχρι να ψηθεί καλά μέχρι μέσα το κοτόπουλο, περίπου 12 με 20 λεπτά ανάλογα με το μέγεθος και το πάχος που έχουν τα φιλέτα. Μεταφέρουμε το κοτόπουλο σε ένα πιάτο και αφήνουμε να κρυώσει. Σιγοβράζουμε τη σάλτσα για 5 λεπτά ακόμη για να πήξει.
Σουρώνουμε τη σάλτσα σε μεταλλικό σουρωτήρι πατώντας καλά με ένα κουτάλι για να περάσει όσο περισσότερο υγρό γίνεται. Νοστιμίζουμε τη σουρωμένη σάλτσα με αλάτι και πιπέρι. Μεταφέρουμε το μείγμα των κρεμμυδιών από το σουρωτήρι σ΄ ένα μεγάλο μπολ.
Μαδάμε το κοτόπουλο σε μικρά κομματάκια και το προσθέτουμε στο μπολ με τα κρεμμύδια. Προσθέτουμε ¼ της κούπας από τη σάλτσα, ½ κούπα τριμμένο cheddar, ½ κούπα τριμμένη mozzarella, τον κόλιαντρο (ή τον μαϊντανό) και ανακατεύουμε.
Μοιράζουμε το παραπάνω μείγμα στις τορτίγιες, βάζοντας τη γέμιση στο κέντρο και κατά μήκος, και τις τυλίγουμε σφιχτά σε ρολό. Τις τοποθετούμε σ΄ ένα λαδωμένο ταψί τη μία δίπλα στη άλλη, με την ένωση προς τα κάτω. Τις περιχύνουμε ομοιόμορφα με τη σάλτσα και τις πασπαλίζουμε με το υπόλοιπο τριμμένο τυρί.
Σκεπάζουμε το ταψί με αλουμινόχαρτο και ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 200ºC για 20 λεπτά. Αφαιρούμε το αλουμινόχαρτο και ψήνουμε για 5 λεπτά ακόμη, μέχρι να ροδοκοκκινίσει το τυρί και να πιάσει κρούστα. Βγάζουμε το ταψί από το φούρνο, αφήνουμε να κρυώσει για 10 λεπτά και σερβίρουμε.