Πλένουμε και στεγνώνουμε το ψάρι καλά. Προθερμαίνουμε τον φούρνο στους 180°C. Σε ένα βαθύ πιάτο βάζουμε το αλεύρι, σε ένα άλλο τα αβγά που έχουμε αναμείξει με το θυμάρι και το ξύσμα λεμονιού και σε ένα τρίτο τα κράκερ. Περνάμε τα φιλέτα διαδοχικά από τα παραπάνω πιάτα και ξανά από τα αβγά και τα κράκερ. Στρώνουμε ένα ταψί με λαδόκολλα και βάζουμε επάνω τα ψάρια.
Αναμειγνύουμε τα κρεμμυδάκια με τη μουστάρδα, το κρασί και το ελαιόλαδο και περιχύνουμε τα ψάρια. Καλύπτουμε με τις ροδέλες της ντομάτας, αλατοπιπερώνουμε και ψήνουμε για 25 λεπτά στον φούρνο.
Πουρές: Λιώνουμε τις πατάτες με ένα πιρούνι όσο είναι ακόμη ζεστές και ανακατεύουμε μαζί με τα υπόλοιπα υλικά για τον πουρέ. Σερβίρουμε μαζί με το ψάρι.