Σε ένα μεγάλο και βαθύ τηγάνι ζεσταίνουμε το ελαιόλαδο σε δυνατή φωτιά και σοτάρουμε το κρεμμύδι. Προσθέτουμε τις πιπεριές, το σκόρδο, τον πελτέ ντομάτας και τα μπαχαρικά (την κανέλα, και τα γαρύφαλλα) και τσιγαρίζουμε, ανακατεύοντας συνεχώς μέχρι να μαλακώσουν οι πιπεριές.
Προσθέτουμε τον χυμό ντομάτας και αφήνουμε να πάρει μια βράση. Στο μεταξύ, με ένα κουτάλι βγάζουμε τα μπαχαρικά. Αφού πάρει μια βράση η σάλτσα, ρίχνουμε τη ζάχαρη, το μπούκοβο και αλατοπιπερώνουμε. Αμέσως ρίχνουμε τα ριγκατόνι και τα δύο ποτήρια νερό (ή και παραπάνω, μέχρι να καλυφθούν τα ζυμαρικά). Σκεπάζουμε το τηγάνι και αφήνουμε τα ριγκατόνι να βράσουν, ανακατεύοντας ανά τακτά χρονικά διαστήματα.
Όταν είναι σχεδόν έτοιμα, και η σάλτσα έχει πήξει λίγο, ρίχνουμε σχεδόν όλη την ποσότητα (κρατάμε μια πρέζα) από τη μοτσαρέλα και την παρμεζάνα. Ανακατεύουμε καλά να πάνε παντού, και έπειτα προσθέτουμε το βασιλικό και το θυμάρι (ή τη ρίγανη). Στο τέλος, ρίχνουμε από πάνω την υπόλοιπη παρμεζάνα και μοτσαρέλα και αφήνουμε τα τυριά να λιώσουν. Πασπαλίζουμε με το ψιλοκομμένο κρεμμυδάκι και σερβίρουμε αμέσως.